V některých případech je pro správnou komunikaci mezi MySQL databází a php skriptem nastavit správné kódování. V opačném případě může dojít k tomu, že se některé znaky nebudou korektně zobrazovat (např. diakritika).
Kódování lze nastavit v php skriptu, který se připojuje do vybrané databáze.
Příklad: pokud chcete použít kódování UTF-8 je potřeba do php skriptu uvést následující řádek:
mysql_query('SET NAMES utf8');