Protokol IMAP provádí on-line synchronizaci schránky s aktuálním stavem na serveru. V klientovi tak vidíte, které zprávy jsou nepřečtené nebo v jakých složkách jsou umístěny. Nicméně, pokud smažete zprávu v poštovním klientovi, smažete ji i na serveru nebo pokud v klientovi zprávu přesunete do jiné složky, přesunete ji i na serveru. Použití tohoto protokolu je vhodné pokud se schránkou pracujete na více zařízeních a z více míst.
Protokol POP3 pracujete tak, že se ke schránce připojí, stáhne doručené emaily a zase se odpojí. Zda stažené e-maily na serveru zůstanou záleží na dalším nastavení v klientovi. Obě možnosti jsou dostupné. Případně je možné v administraci nastavit po kolika dnech se zprávy budou automaticky mazat.